パートナー会社とはグループ会社とは異なり、経済的な関係を持たず株も保有していないことが少なくありません。そのため、相手との上下関係はなく、互いの立場が対等である会社同士が多いです。
パートナー会社は経済的な関係はないので、お得意先のようなものだと捉えて構いません。グループ会社との違いは株を一定数保有しているかどうか。保有しているのがグループ会社、あまりしていないのがパートナー会社です。51%以上株を保有すると子会社化できます。しかし、取引がある会社全てがパートナー会社であるとは限りません。パートナー契約を結んでいるかどうかがパートナー会社かどうか判断する基準のひとつです。パートナー契約を結ぶことは双方の会社にとって大きなメリットだと言えるでしょう。